Sau sự kiện trong Rockman X2, Zero được phục hồi, trở về làm đội trưởng đội 0, tiếp tục cùng X hoạt động trong vai trò Irregular Hunter.

Sau một thời gian yên ắng, các Irregular bỗng dưng nổi loạn, và bản doanh Irregular Hunter khám phá ra rằng tiến sĩ Doppler chính là kẻ đứng đằng sau giật dây. Và X và Zero được phái đi dẹp loạn. Trong quá trình đó, họ biết được rằng Doppler chỉ là một quân tốt trong tay của một kẻ không có thực thể....






Download  : https://drive.google.com/open?id=19okEz3Tb_FgySGFQUV7rZn6ynv6JiYwc

I. Zero change

Trong phiên bản này, người chơi có thể điều khiển Zero (gọi từ Menu vũ khí) ở các màn nhưng không thể dùng trong trận đánh trùm. Mỗi màn chỉ gọi Zero được một lần duy nhất. Nếu Zero "chết" đi thì dữ liệu chơi đó không thể dùng được nhân vật này nữa. Nhân vật Zero có các đặc trưng:

- Sử dụng vũ khí Zero Buster và Beam Sabre. Zero Buster thì không khác X Buster, nhưng Beam Sabre là vũ khí mạnh nhất game, có thể kết liễu mọi con trùm bằng 2 nhát chém.
- Zero cao hơn X, nên dễ bị trúng đạn hơn, và cũng khó bắn trúng đối thủ tầm thấp hơn.
- Không tham gia đánh trùm được (trừ màn mở đầu).
- Mỗi màn chỉ gọi được một lần.
- Không dùng được Item nào khác ngoài Life energy.
- Không dùng được vũ khí đặc chủng.
- Không gọi được Ride Armor.


II. Phân nhánh

Việc người chơi hạ hai nhân vật Nightmarepolice bằng vũ khí khắc chế hay bằng vũ khí khác ở 8 màn đầu sẽ quyết định nhân vật trùm sẽ xuất hiện ở màn cuối. Tương tự, việc hạ Vava MK 2 bằng vũ khí khắc chế ở 8 màn đầu hay không sẽ quyết định việc Rockman có nhận được thanh kiếm Beam Sabre từ Zero hay không.